Tu ne te trompes pas en posant la question. En bac nu ou très peu planté, comme le mien en ce moment, le siphonnage du sol n'est pas une option.
Là ou le sujet devient sensible, c'est en bac planté : je me souviens qu'il y a une dizaine d'années, lorsque je m'intéressais de près au sujet, il était même recommandé de ne pas siphonner le sol, et de placer la canne de rejet de la filtration à ras du substrat afin de favoriser la mise en mouvement de la pellicule de surface, ce qui avait un effet bénéfique sur la croissance des plantes, notamment les gazonnantes.
Je n'ai jamais testé cette approche, mais tu devrais pouvoir retrouver des posts là-dessus en parcourant les différents forums, s'ils sont toujours actifs.